一是在地表水资源保护中，水域限排总量意见的提出、水污染源头控制、入河排污口监督管理和污染水体治理由水利、环境保护部门分头管理，各部门的规划、部署、监督和执法等衔接不够。二是在地下水资源保护中，污染物排放、地下水质监测、地下水污染治理等由环境保护、国土资源、水利部门分头管理，各部门的规划、部署、监督和执法等衔接不够。三是在突发水污染事件的调查评估和应急处理方面，水污染事件信息的通报、水质监测数据的共享、水体污染带扩散的实时监控、应急预案、治污措施等衔接不够。